O Augusto escreveu uma post bacana sobre aplicar o método GTD usando um aplicativo feito em Ruby on Rails, o Tracks.
Achei o aplicativo bacaninha, mas particularmente não sou muito chegado a fazer setup de aplicativos em Ruby.
Procurando uma versão alguma coisa mais amigável, ao menos para mim achei esse app feito em php o GTD-PHP.
O site tá bem documentado e tem uns screencasts mostrando o funcionamento e setup do programinha. Vale conferir.