O Google Custom Search Engine como o próprio nome fala, é um sistema de busca customizado.
Com ele você pode escolher alguns sites e procurar ir direto ao ponto: procurar a informação que você quer, e rápido.
Um bom ponto de partida é um guia que a ONlamp fez, muito bacana e bem explicado.
Existe também uma opção de você criar um sistema de busca para o seu blog ou site, muito útil para aqueles sites que não usam um CMS (Sistema de gerenciamento de conteúdo).